高效气相色谱仪受到高沸点物质的污染，特别是在进样口，色谱性能会变差。分析人员应进行仪器的日常维护，包括定期更换进样隔垫、清洗和老化进样口衬管等，必要时可将接进样口一端的毛细管柱截去一段。
毛细管柱是可靠并易于使用的，但为了保证良好的分离性能，需要注意下列操作：
一、毛细管柱和色谱炉壁接触，会影响色谱性能和柱寿命。
二、不使氧气进入到毛细管柱中。
三、只有在色谱炉冷却后才可更换进样隔垫。
四、再次加热色谱炉前，应先用载气冲洗毛细管柱15rnin。
五、应使用脱氧管除去载气中的痕量氧气，脱氧管应定期更换。
六、无论色谱炉是否在加热，都需要有载气流经毛细管柱。
