毛细管电泳仪分析对进样技术要求很高，进样操作事项如下：
一、进样区带越小越好：
无论采用何种进样方式，毛细管插入样品溶液的深度一般要少于毛细管总长度的1%～2%，以尽量减少样品溶液经毛细吸附进入毛细管而影响进样量的性。样品管中溶液少为5μL，进样体积为1～50nL。
二、进样时间以短为宜：
通常进样时间为0.5～1s，此时毛细管粘附的样品量相对于吸入的体积可忽略不计。
虽然毛细管电泳的进样时间可至±0.1s，但由于毛细管插入样品管时不可避免地会粘附一些溶液，进样时间过短会影响分析的重复性。
三、样品预浓缩：
受毛细管内总体积的制约，对于浓度很稀的样品，毛细管电泳不能象HPLC那样可加大进样量来提高检测灵敏度，但可采取一些措施来改善。
1、当样品缓冲液的电导明显低于（100倍以上）电泳缓冲液时，毛细管两端加上电压后可在样品区带前后形成一个更大的电场，使样品溶液中的分子迁移的更快。当这些分子到达电泳缓冲液边界时，由于电场减弱，迁移速度减慢，使样品区带由宽变窄，浓度提高，而达到浓缩的目的。
2、当样品缓冲液和电极缓冲液的电导一样，而样品浓度较稀，不适合再作稀释时，可在进样前先吸入一些水，也能达到浓缩的目的。
无论采取何种进样方式，上述方法都可使样品堆积浓缩。但由于在堆积区带电势陡降，会导致此区带温度升高。
四、毛细管插入样品溶液后，应立即开始进样操作，完成后迅速移至缓冲液中开始电泳。否则会产生毛细作用和虹吸现象，引起误差并使谱带展宽。
五、电极不要和毛细管接触，样品贮器和缓冲液贮器液面的高度应保持平衡。
六、使系统尽可能保持恒温。因温度直接影响粘度，而影响进样量的恒定。
七、样品溶液中的溶剂必须与缓冲液互溶，前者的离子强度应低于后者。
八、防止样品溶液和缓冲液蒸发、损耗。
